С началом Великой Отечественной войны Сергей Григорьевич ушел на фронт. Он служил в 61-й армии, где руководил всей терапевтической службой, и был назначен начальником полевого военного госпиталя.
Постоянно находясь в войсках, он лично контролировал оказание терапевтической помощи на этапах эвакуации. Во время боевых операций Сергей Григорьевич лично консультировал больных и раненых, помогая дивизионным врачам грамотно организовывать эвакуацию по назначению.
Благодаря его организаторскому таланту в терапевтических госпиталях армии, даже в сложных условиях полевой службы, проводились полноценные клинические обследования с использованием рентгена и лабораторий, применялись электро-, свето- и водолечение. Он организовал специальную учебу врачей, открыл курсы для медицинских сестер и лаборантов, подготовил кадры молодых терапевтов. Путем правильной расстановки кадров он добился проведения регулярных медосмотров личного состава в частях и соединениях, что позволило сохранить здоровье тысячам солдат.