В 1930 г. вместе с семьей переехала в Читу, где закончила среднюю школу № 2. В 1938 г. поступила на лечебный факультет в Томский медицинский институт. Не смотря на желание Марии Васильевны, до окончания института ей не удалось уйти на фронт добровольцем – необходимо было получить образование. В условиях военного времени изменилась программа обучения: гораздо больше учебных часов было отведено под военно-полевую хирургию. А ночами студенты всех курсов работали в эвакогоспиталях.
С 1960 по 1975 гг. ассистент кафедры кожных и венерических болезней ЧГМИ. Большой клинический опыт, высокий уровень профессиональной эрудиции позволили Марии Васильевне очень успешно справляться с преподавательской работой, заслужить непререкаемый авторитет у коллег и студентов.  М.В. Марухненко автор 21-й научной статьи (в том числе и с соавторами). В ее работах рассматривается опыт лечения кожных заболеваний на курортах Горячинск и Ямкун, лечение грязями озера Угдан, лечение красной волчанки, псориаза, сифилиса, фотодерматоза, организации лечении и профилактики кожных заболеваний, исследования по истории дерматовенерологии в Забайкалье и другие.

С 1942 г. для Марии Васильевны Марухненко началась военная служба в качестве ординатора операционно-перевязочного взвода на Синявском направлении Волховского фронта, в 464 лыжном батальоне 374 стрелковой дивизии. Вскоре после прибытия Марии Васильевны по месту службы, дивизия попала в окружение, из которого выходили с боями, неся большие потери. Работа медсанбата шла во фронтовом районе, не редкостью были обстрелы и в расположении медицинской службы, во время которых гибли врачи, санитары и медсестры. В 1943 г. Марию Васильевну перевели в 1774 эвакогоспиталь 4 Украинского фронта, где она работала ординатором сначала хирургического, а затем нейрохирургического отделения. Вместе с действующей армией прошла путь от Ленинграда до Польши.
 
Награждена орденами Красной звезды, Отечественной войны II степени, медалями «За боевые заслуги», «За оборону Ленинграда», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».