Николай Якупов родился 15 марта 1920 года селе Иштеряково Казанской губернии (ныне Тукаевский район Республики Татарстан) в крестьянской семье. В 1939 году окончил медицинский техникум в городе Чистополе, после чего работал фельдшером в деревне Клярино Камско-Устьинского района.
В 1950-х годах был 2-м секретарём Ворошиловского райкома, Набережно-Челнинского райкома КПСС. Жил в городе Набережные Челны, работал заместителем начальника управления треста «Камдорстрой». Николай Якупович Якупов умер 1 февраля 1999 года. Похоронен на новом кладбище города Набережные Челны.

В 1939 году призван в ряды Красной Армии. Участник Советско-финской войны и освободительного похода советских войск в Западную Украину и Западную Белоруссию в 1939 году.
На фронтах Великой Отечественной войны с июля 1941 года.
В качестве военного фельдшера участвовал в боях на Калининском фронте в составе 259-го стрелкового полка 189-й стрелковой дивизии. В составе 275-го (впоследствии — 58-го гвардейского) кавалерийского полка 112-й (впоследствии — 16-й гвардейской) Башкирской кавалерийской дивизии сражался с врагом на Сталинградском фронте.
В ночь на 27 сентября 1943 года фельдшер медицинского пункта 58-го гвардейского кавалерийского полка гвардии старший лейтенант медицинской службы Николай Якупов во время форсирования реки Днепр у деревни Нивки Брагинского района Гомельской области Белоруссии спас жизнь более чем 70-ти советским бойцам и офицерам. Под огнем противника военфельдшер 27 раз переправлялся через Днепр на рыбачьей лодке, вывозя раненых и доставляя боеприпасы для бойцов, сражавшихся на плацдарме.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 января 1944 года за «образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленными при этом отвагу и геройство» гвардии старшему лейтенанту медицинской службы Якупову Николаю Якуповичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
В 1945 году учился в Ленинградской военно-медицинской Академии. В 1946 году гвардии подполковник медицинской службы Якупов уволен в запас. В 1949 году окончил республиканскую партийную школу в Казани.

* Герой Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (15 января 1944 года)
* Орден Красного Знамени (31 октября 1943 года)
* Орден Отечественной войны I степени (6 апреля 1985 года)
* Орден Красной Звезды (28 февраля 1943 года)
* Медаль «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.» (1945 год)
* Почётное звание «Ударник строительства КамАЗа»
* Почётный гражданин города Набережные Челны (1987 год)