С июня 1942 года по январь 1943 года она была ординатором полевого подвижного госпиталя (ППГ) №4187 Сталинградского фронта, затем – ординатором хирургического отделения эвакопункта (ЭП) № 54 62-й армии. В составе 62-й армии М.И. Зайцева участвовала в боях за Сталинград.
«Доктором Машей» называли пациенты молодого врача. Это было время, когда приходилось оперировать сутками, в условиях нехватки медикаментов и донорской крови. Потом она рассказывала, как оперировала без анестезии, как сама во время работы сдавала кровь для раненых.
Здесь, в Сталинграде, и произошел случай, благодаря которому М.И. Зайцева стала настоящей легендой города. В августе 1942 г. в ППГ № 4187 поступил необычный раненый – старший лейтенант Рубен Руис Ибаррури, сын Долорес Ибаррури – лидера испанских коммунистов, организатора борьбы с фашизмом в Испании. Рубен Ибаррури сражался в составе 35-й гвардейской стрелковой дивизии и был ранен близ станции Котлубань. Проникающее ранение груди являлось жизнеугрожающим: Мария Зайцева, хирург Мартын Кольцов и медсестра Полина Чудинова оказали герою-испанцу первую хирургическую помощь. Планировалось отправить его самолетом в Москву, однако врачебный консилиум отклонил возможность транспортировки и 3 сентября Р. Ибаррури умер.
С июня 1943 года и до конца войны М.И. Зайцева служила начальником хирургического отделения ППГ № 4185 3-го Украинского фронта.