В феврале 1942 года Михаил Морковкин был призван в Красную Армию и начал свою службу на Сталинградском фронте в стрелковых частях. Был ранен, но поле боя не оставлял.
В 1944 году он стал воздушным стрелком 48-го бомбардировочного авиационного полка 218-й бомбардировочной авиационной Ясской Краснознаменной дивизии, участвовал в боях на 2-м Украинском фронте. Его боевой самолет – американский бомбардировщик «Бостон А-20Ж», поставленный по программе ленд-лиза, имевший модификацию «Бостон А-20Ж» и неофициальное прозвище «Жучок». Надежность самолета в сочетании с высокими боевыми качествами летчиков позволяли выполнять разные боевые задачи: от бомбометания до использования самолета в качестве штурмовика.
Михаил Антонович Морковкин совершил 26 боевых вылетов, включая 12 над Будапештом. Он проявил мужество в боях, отражая атаки немецких самолетов и нанося удары по важным транспортным узлам противника. Его личные качества были отмечены в наградном листе, где подчеркивалась его энергия и умение обнаруживать самолеты противника.
В 1944-1945 годах Михаил Антонович участвовал в освобождении Чехословакии, Венгрии, Румынии и Австрии.
Завершив боевой путь в Берлине, он демобилизовался в 1948 году в звании сержанта.