После окончания школы поступил в Воронежский медицинский институт. Получив звание зауряд-врача (после 4 курса института), в августе 1941 г. ушел в действующую армию. После демобилизации окончил 5-ый курс Челябинского медицинского института, аспирантуру по нормальной физиологии. Затем работал ассистентом, доцентом кафедры нормальной физиологии Рязанского медицинского института.
В сентябре 1954 г. приступил к работе в должности заведующего кафедрой нормальной физиологии Читинского медицинского института. Совместно с сотрудниками кафедры И.Д. Боенко изучал процессы интерорецепции. Результаты проведенных научных изысканий описаны в его докторской диссертации на тему «Новые материалы по физиологии интерорецепции» (1956 г.). С коллективом кафедры изучает лечебные свойства минеральных вод, курортов и климата Читинской области на организм человека. В соавторстве с В.А.Козловым, Б.И.Кузником выпущен ряд научно-популярных изданий: «Курорт Ямаровка», «Курорт Кука», «Курорт Ургучан».
И.Д. Боенко активно участвовал в общественной жизни института, являлся председателем цикловой комиссии, налаживал межкафедральное взаимодействие, координацию с другими организациями Читы, осуществлявшими научную деятельность, стоял у истоков студенческого научного общества. Был инициатором и организатором городского лектория для врачей, в котором сам прочел цикл лекций по Павловской физиологии.
С 1962 г. трудовая деятельность И.Д. Боенко была связана с Воронежским медицинским институтом. За свою научную и педагогическую практику подготовил 8 докторов и более 30 кандидатов наук. Автор более 200 научных публикаций, в т. ч. 6 монографий, учебно-методических пособий.