В ноябре 1941 г. была мобилизована в ряды РККА. В качестве военного врача она поступила на службу в Читинский травматологический госпиталь, куда с фронта привозили раненых. В этом же году, в связи с высокой инфекционной заболеваемостью детского населения Читы, была демобилизована и назначена участковым педиатром детской поликлиники Центрального района в Чите, и работала здесь с конца 1941 г. по 1945 г. В 1946–1955 гг.– главный врач детской больницы № 2.
В годы войны Е.П. Четвертакова находила возможности заниматься наукой. С 1943 по 1945 гг. ею была выполнена научная работа «Анализ патоморфологической характеристики дизентерии у детей» с использованием обширных клинических наблюдений и исследований. Работа имела большое практическое значение и была передана в научно-исследовательский бактериологический институт в Чите. За годы работы педиатром Е.П. Четвертакова добилась снижения заболеваемости и смертности на своем участке, в связи с чем, неоднократно отмечалась приказами Министерства здравоохранения РСФСР, почетными грамотами.