В годы войны с 1941 -1945 Кира Александровна служила в должностях батальонного врача, начальника санитарной службы отдельного санитарного батальона, главного токсиколога 23-й армии (Ленинградский фронт). Военврач 2 ранга Мещерская Кира Александровна, находясь в Красной Армии с первых дней Отечественной войны, в течение всего пережитого периода с неослабевающей энергией и энтузиазмом работала по поднятию квалификации медицинского состава, стремясь обратить на пользу Родине все свои большие знания научного работника. В 1942 г., в период блокады, работая в госпитале, она дни и ночи ведет борьбу за жизнь раненых и истощенных бойцов и командиров.