В 1916 г. был принят в Санкт-Петербургский психоневрологический институт, откуда в следующем году перевелся на медицинский факультет Ростовского-на-Дону университета. В 1920 г., после окончания университета, был оставлен ординатором факультетской терапевтической клиники Ростовского медицинского института для подготовки к научной деятельности, в 1924-1930 гг. там же исполнял обязанности ассистента. С 1930 г. по 1935 г. М.Я. Нишневич работал в системе Государственного Центрального Бальнеологического института на Кавказских Минеральных водах в должности научного руководителя вначале Ессентукской затем Пятигорской клиник, а в 1935 - 1938 гг. – ассистентом I-й терапевтической клиники Московского Центрального института усовершенствования врачей. В 1931 г. присвоено ученое звание доцента. В 1935 г. под руководством директора клиники, заслуженного деятеля науки профессора Р.А. Лурия он защитил кандидатскую диссертацию на тему «Клиника заболеваний органов пищеварения у подземных рабочих» и в 1937 г. получил звание кандидата медицинских наук. С декабря 1938 по октябрь 1952 г. М.Я. Нишневич заведующий кафедрой пропедевтики внутренних болезней Хабаровского медицинского института. В 1947 г. во 2-м Ленинградском медицинском институте состоялась защита диссертации на тему «Синдромные заболевания органов системы пищеварения». В январе 1948 г. решением ВАК присвоено ученое звание профессора и ученая степень доктора медицинских наук.
С 25 августа 1955 г. по 01 февраля 1958 г. организатор и заведующий кафедрой пропедевтики внутренних болезней Читинского медицинского института. В Чите была подготовлена монография «Проблема реактивности в клинике внутренних болезней».

С 1939 г. по 1942 г. заведовал кафедрой госпитальной терапии Хабаровского мединститута. Михаил Яковлевич делал все необходимое для работы вуза в условиях военного времени: обучение было переведено на ускоренную программу, все педагоги работали с большой нагрузкой, т. к. заменяли ушедших на фронт коллег, помогали практическому здравоохранению и т. д. Научная работа института так же определялась нуждами фронта. В начале Великой Отечественной войны Михаил Яковлевич разработал уникальные методики лечения ожогов у раненых целебной кульдурской водой.

Награжден медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».